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| | dpt | commune | adresse 1 | titre courant | siècle(s)
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| | 16 | Gours (Les) | | Palafitte dit cité lacustre de la Font- Brisson | Préhistoire
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| | 39 | Fontenu | | Villages palafittes du lac Chalain (également sur communes de Marigny et Doucier) | Néolithique ; Protohistoire
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| | 73 | Aiguebelette-le-Lac | | Site archéologique de Beau-Phare (ou Boffard) immergé dans le lac d'Aiguebelette | Néolithique récent
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| | 73 | Brison-Saint-Innocent | | Site archéologique de Grésine-est immergé dans le lac du Bourget | Age du bronze final
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| | 73 | Brison-Saint-Innocent | | Site archéologique de Grésine-est immergé dans le lac du Bourget | Age du bronze final
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| | 73 | Chindrieux | | Site archéologique de Châtillon immergé dans le lac du Bourget | Age du bronze final
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| | 73 | Conjux | | Ssite archéologique de Conjux-le-Port 3 immergé dans le lac du Bourget | Age du bronze final
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| | 73 | Novalaise | | Site archéologique du Gojat immergé dans le lac d'Aiguebelette | Néolithique récent
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| | 73 | Saint-Pierre-de-Curtille | | Site archéologique de Hautecombe immergé dans le lac du Bourget | Néolithique moyen;Néolithique récent
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| | 73 | Tresserve | | Site archéologique du Saut immergé dans le lac du Bourget | Age du bronze final
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| | 74 | Annecy | | Site archéologique du Pâquier immergé dans le lac d'Annecy | Néolithique récent
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| | 74 | Annecy-le-Vieux | | Site sublacustre du Petit Port | Préhistoire
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| | 74 | Chens-sur-Léman | | Station littorale immergée dite "Le Port de Tougues" | préhistoire ; protohistoire
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| | 74 | Saint-Jorioz | | Site archéologique des Marais immergé dans le lac d'Annecy | Néolithique ancien
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| | 74 | Sévrier | | Site archéologique des Mongets immergé dans le lac d'Annecy | Age du bronze ancien
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| | 74 | Sévrier | | Site archéologique du Crêt-de-Chatillon immergé dans le lac d'Annecy | Age du bronze final
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